La fine dell'estate 2002 ha portato alla CPT, oltre al completamento del processo di riorganizzazione e risanamento aziendale, un ulteriore determinante risultato : il conseguimento della certificazione del proprio sistema integrato per la gestione della qualità e dell'ambiente basato sulle norme UNI EN ISO 9001 e ISO 14001.
Tale traguardo è stato molto significativo ed importante quale testimonianza del fatto che la Compagnia Pisana Trasporti abbia ispirato il proprio lavoro alla ricerca della qualità del servizio offerto, nel rispetto rigoroso dell'ambiente.
Queste normative, severissime nella fase di verifica e controllo, se giungono, come nel nostro caso, alla fase finale del certificato, garantiscono a tutti i nostri utenti e, comunque, a tutti coloro che entrano in contatto con la nostra azienda, l'affidabilità e la qualità dei prodotti offerti.
Alla metà del 2003 è stata conseguita anche la certificazione per la norma SA 8000, a dimostrazione dell'impegno sociale dell'azienda, non solo nel sostenere azioni di promozione e di solidarietà collettiva, ma per attestare che la CPT direttamente e anche attraverso i suoi diretti fornitori rispetta i contratti di lavoro, utilizza esclusivamente personale regolarmente assicurato e rifiuta qualsiasi forma di sfruttamento nel processo produttivo.
Tali risultati infine sono stati anche determinanti per l’affidamento del sevizio avvenuto con procedura ad evidenza pubblica nel corso del 2006
Ma cerchiamo di entrare nel dettaglio degli impegni che abbiamo preso nel momento in cui ci siamo sottoposti volontariamente e con successo alla certificazione di qualità.
La CPT spa ha la finalità di contribuire allo sviluppo sostenibile del territorio attraverso la fornitura di un servizio pubblico di trasporto e di sosta efficiente, affidabile, in grado di soddisfare le esigenze della collettività e di contribuire quindi alla riduzione del mezzo privato e le relative emissioni inquinanti.
Il sistema di certificazione della qualità e dell'ambiente interviene in questo campo garantendo un impegno costante e certificato della direzione aziendale ad agire per il conseguimento degli obiettivi strategici descritti. Sarà garantita la comunicazione con il cliente allo scopo di recepirne le esigenze, pianificando allo stesso tempo i servizi in modo da soddisfare le aspettative degli utenti, compatibilmente con le risorse disponibili.
In particolare la ISO 14001 consente un approccio rivolto alla riduzione dell'impatto ambientale che tiene conto di tutte le implicazioni di carattere organizzativo, tecnico, economico e normativo: la CPT spa si impegna a migliorare continuamente la propria capacità produttiva in modo da ridurre progressivamente l'impatto ambientale delle proprie attività in particolare quello generato dai propri mezzi di trasporto, dalle attività di manutenzione e dagli altri servizi erogati.
In definitiva crediamo di aver raggiunto un obiettivo determinante per rendere la nostra azienda moderna e all'altezza del proprio ruolo, ma soprattutto siamo certi di aver favorito una comunicazione diretta con i nostri utenti e di aver loro offerto servizi migliori con una maggiore sensibilità al rispetto dell'ambiente.
Dal 1 giugno 2006 la CPT spa ha trasferito alla Compagnia Toscana Trasporti srl, una società costituita dalle sei aziende di trasporto  della Toscana nord occidentale (Cpt, Clap, Copit, Cap, Lazzi, Atl) il proprio ramo di azienda composto da tutte le funzioni direzionali. Anche la gestione del sistema integrato pertanto è stata affidata a CTT.